Birçok farklı alanda ve birçok farklı sektör için mikrobiyolojşk analizler gerçekleştirilebilir. Bir kısmı tamamen kimyasal analizler niteliğindedir, bir kısmı ise sadece deneyimli ve uzman mikrobiyologların yapabileceği türden, yapılması güç ve tehlikeli analizlerdir.

Mikrobiyolojinin farklı disiplinlerden ve farklı materyalden kaynaklanan çok farklı analiz yöntemleri bulunmaktadır.
Son yıllarda gıda güvenliği konusunda yeni yaklaşımlar ortaya çıktıkça, analiz yöntemlerinde de gelişmeler ve değişimler olmaktadır. Bu paralelde laboratuvarlarda da akreditasyon, kalibrasyon, otomasyon, validasyon (uygulanan yöntemlerin geçerli kılınması), verifikasyon (uygulanan standart yöntemlerin doğru olduğunun tespit edilmesi) ve ölçüm belirsizliği gibi uygulamalar ağırlık kazanmaya başlamıştır. Ayı şekilde genetik ve serolojik esaslı analizler giderek yaygınlaşmıştır (serolojik, belli mikroorganizmalara karşı üretilmiş antikorların varlığını belirleyen kan testleridir).
Ülkemizde de gıda sektöründe kaliteye önem veren kuruluşların sayısı arttıkça mikrobiyolojik analizler gittikçe önem kazanmıştır.

Bugün için dünyada ve ülkemizde hala klasik yöntemler geçerlidir ve Amerikan Gıda ve İlaç Dairesi (FDA) ve Uluslararası Standartlar Organizasyonu (ISO) gibi kuruluşlar bu yöntemleri esas almaktadır. Ancak bu alanda çalışmalar hız kazanmaktadır ve kısa süre içinde özellikle genetik ve serolojik temelli analizler standart analiz yöntemleri olarak geçerli olacaktır.

Mikrobiyolojik analizler (gıdalar için olan) şu başlıklar altında gruplandırılabilir: sayımlar, var-yok testleri, biyolojik stabilite testleri, toksin testleri ve diğer testler.

Gıda mikrobiyolojisi dendiği zaman ilk adımda, gıdalarda istenmeyen mikroorganizmaların kontrolü anlaşılmaktadır. Burada kontrolden amaçlanan, sadece laboratuvar analizlerinin yapılması değildir. Asıl amaç, mikroorganizmaların bir şekilde gıdalara bulaşmasının ve gıdalarda gelişmesinin önüne geçilmesidir. Standartlar açısından bakıldığında bulaşmanın engellenmesi hammadde açısından ele alındığında EUREPGAP standartları ile (iyi tarım uygulamaları), gelişmenin engellenmesi ise HACCP standartları ile (tehlike analizleri ve kritik kontrol noktaları) sağlanmaktadır.

Gıdalarda istenmeyen mikroorganizmalar, örneğin küflü peynir yapımında kullanılan bir küf türü, kaşar peynirine bulaşırsa bu durumda istenmeyen mikroorganizma olarak değerlendirilir. Bu durum herhangi bir sağlık sorunu yaratmasa da, üretici firmanın temel hijyen koşullarına uygun davranmadığının bir göstergesidir. Ancak kaşar peynirinde toplam küf ve maya sayımı yapıldığı zaman bu durum anlaşılabilir.

Gıda sektöründe yetkili laboratuvarlar tarafından gıda ürünlerinde çok sayıda mikrobiyolojik analizler gerçekleştirilmektedir. Başlıca yapılan testler, ölçümler ve analizler şu şekilde sıralanabilir:

Mikrobiyolojik analizler
Aerobik bakteri sayısı (aerobik mezofilik bakteri sayısı, aerobik koloni sayısı)
Küf ve maya sayımı (hızlı test)
Aerobik bakteri sayısı (aerobik mezofilik bakteri sayısı, aerobik koloni sayısı) (hızlı test)
Laktik asit bakteri sayımı (hızlı test)
Alicyclobacillus acidoterrestris tayini
Lipolitik bakteri sayısı tayini
Alicyclobacillus spp. tayini
Listeria monocytogenes tayini
Anaerobik bakteri sayısı tayini
Listeria monocytogenes aranması (hızlı test)
Asit yapan bakteri tayini
Listeria spp. analizi
Bacillus cereus tayini
Listeria spp. analizi (hızlı test) (gıda ve yem)
Bacillus spp. izolasyon ve identifikasyon analizi
Mantar sayımı tayini
Bakteri kültürü
Osmofilik maya tayini
Bombaj ve sızıntı kontrolü (inkübasyon hariç)
Proteolitik bakteri sayısı tayini
Clostridium botulinum toksini tayini
Pseudomonas spp. tayini
Clostrodium perfringens tayini
Pseudomonas aeruginosa tayini
Direkt mikroskopik sayımı
Resazurin testi
Flat-sour tayini (düz ekşime yapan bakteri sayısı)
Rope sporu tayini
E. coli (EMS) ISO metodu
Salmonella aranması (hızlı test)
E. coli tayini (katı ortam)
Salmonella spp. tayini
E. coli O104:H4 tayini
Salmonella enterica serotiplendirmesi analizi
E. coli O157:H7 tayini
Shigella aranması
E. coli O157:H7 aranması hızlı test
Somatik hücre sayımı (mikroskobik)
E. coli sayısı (hızlı test)
Somatik hücre sayımı (cihaz ile)
Enterobacter sakazakii tayini (cronobacter spp.)
Staphylococcal enterotoksin (A, B, C, D, E) analizi (tüm gıdalarda) (real time-PCR)
Enterobacter sakazakii (hızlı test) (cronobacter spp.)
Staphylococcal enterotoksin analizi (tek analiz)
Enterobacteriaceae sayımı
Staphylococcus aureus (koagülaz pozitif staphylococ) tayini
Enterobacteriaceae sayımı (hızlı test)
Staphylococcus aureus sayımı (hızlı test) (koagülaz pozitif staphylococ)
Fekal streptococcus (enterococcus) sayımı
Sterilite kontrolü (UHT süt, konserve, bebek ve küçük çocuk ek gıdaları)
İnkübasyon (stabilite) (10 gün)
Sterilizasyon kontrolü (biyokimyasal)
İnkübasyon (stabilite) (15 gün)
Sülfit indirgeyen anaerob tayini
İnkübasyon (stabilite) (7 gün)
Termotolerant campylobacter aranması (hızlı test)
Koliform (EMS) ISO metodu
Termotolerant campylobacter aranması (klasik yöntem)
Koliform tayini (katı besiyerinde)
Ticari sterilite tayini (konserve ve konserve ürünleri)
Koliform bakteri sayımı (hızlı test)
Toplam spesifik mikroorganizma sayısı tayini (yoğurtta)
Koliform, fekal koliform, e. coli tayini (EMS) (FDA BAM)
Vibrio cholerae tayini
Küf sayımı (Howard lamı ile)
Vibrio parahaemolyticus tayini
Küf teşhisi
Vibrio parahaemolyticus (hızlı test)
Küf ve maya sayımı
Vibrio spp. aranması
Laktik asit bakteri sayımı
Analizler
Aerobik Bakteri Sayısı (Aerobik Mezofilik Bakteri Sayısı, Aerobik Koloni Sayısı)
Aerobik Bakteri Sayısı (Aerobik Mezofilik Bakteri Sayısı, Aerobik Koloni Sayısı) (Hızlı Test)
Alicyclobacillus Acidoterrestris Tayini
Alicyclobacillus spp. Tayini
Anaerobik Bakteri Sayısı Tayini
Asit Yapan Bakteri Tayini
Bacillus Cereus Tayini
Bacillus spp. İzolasyon ve İdentifikasyon Analizi
Bakteri Kültürü
Bombaj ve Sızıntı Kontrolü (İnkübasyon Hariç)
Clostridium Botulinum Toksini Tayini
Clostridium Perfringens Tayini
Direkt Mikroskopik Sayımı
E. coli (EMS) ISO Metodu
E. coli O104:H4 Tayini
E. coli O157:H7 Aranması Hızlı Test
E. coli O157:H7 Tayini
E. coli Sayısı (Hızlı Test)
E. coli Tayini (Katı Ortam)
Enterobacter Sakazakii (Hızlı Test) (Cronobacter spp.)
Enterobacter Sakazakii Tayini (Cronobacter spp.)
Enterobacteriaceae Sayımı
Enterobacteriaceae Sayımı (Hızlı Test)
Fekal Streptococcus (Enterococcus) Sayımı
Flat-Sour Tayini (Düz Ekşime Yapan Bakteri Sayısı)
İnkübasyon (Stabilite) (10 gün)
İnkübasyon (Stabilite) (15 gün)
İnkübasyon (Stabilite) (7 gün)
Koliform (EMS) ISO Metodu
Koliform Bakteri Sayımı (Hızlı Test)
Koliform Tayini (Katı Besiyerinde)
Koliform, Fekal Koliform, E. coli Tayini (EMS) (FDA BAM)
Küf Sayımı (Howard Lamı İle)
Küf Teşhisi
Küf ve Maya Sayımı
Küf ve Maya Sayımı (Hızlı Test)
Laktik Asit Bakteri Sayımı
Laktik Asit Bakteri Sayımı (Hızlı Test)
Lipolitik Bakteri Sayısı Tayini
Listeria Monocytogenes Aranması (Hızlı Test)
Listeria Monocytogenes Tayini
Listeria spp. Analizi
Listeria spp. Analizi (Hızlı Test) (Gıda ve Yem)
Mantar Sayımı Tayini
Osmofilik Maya Tayini
Proteolitik Bakteri Sayısı Tayini
Pseudomonas Aeruginosa Tayini
Pseudomonas spp. Tayini
Resazurin Testi
Rope Sporu Tayini
Salmonella Aranması (Hızlı Test)
Salmonella Enterica Serotiplendirmesi Analizi
Salmonella spp. Tayini
Shigella Aranması
Somatik Hücre Sayımı (Cihaz İle)
Somatik Hücre Sayımı (Mikroskobik)
Staphylococcal Enterotoksin (A, B, C, D, E) Analizi (Tüm Gıdalarda) (Real Time-PCR)
Staphylococcal Enterotoksin Analizi (Tek Analiz)
Staphylococcus Aureus (Koagülaz Pozitif Staphylococ) Tayini
Staphylococcus Aureus Sayımı (Hızlı Test) (Koagülaz Pozitif Staphylococ)
Sterilite Kontrolü (UHT Süt, Konserve, Bebek ve Küçük Çocuk Ek Gıdaları)
Sterilizasyon Kontrolü (Biyokimyasal)
Sülfit İndirgeyen Anaerob Tayini
Termotolerant Campylobacter Aranması (Hızlı Test)
Termotolerant Campylobacter Aranması (Klasik Yöntem)
Ticari Sterilite Tayini (Konserve ve Konserve Ürünleri)
Toplam Spesifik Mikroorganizma Sayısı Tayini (Yoğurtta)
Vibrio Cholerae Tayini
Vibrio Parahaemolyticus (Hızlı Test)
Vibrio Parahaemolyticus Tayini
Vibrio spp. Aranması