Bir takım dezenfektan maddeler, protein yapısındaki maddeleri ve enzimleri pıhtılaştırmak suretiyle veya organik yapılarını bozmak suretiyle parçalarlar. Doğal olarak bu durumda hücreler ölür. Bu gruba giren dezenfektan maddeler arasında alkaliler ve asitler bulunmaktadır.
Bazı dezenfektanlar ise, mikroorganizma enzimlerine tutunurlar ve bu enzimlerin kimyasal yapılarını ve aktivitelerini değiştirip, işlemez duruma getirirler. Bu durumda mikroorganizmanın metabolizması bozulur ve hücreler ölür. Bu gruba giren dezenfektan maddeler arasında da alkalin maddeler yanında ağır metaller, tuzlar, oksidan maddeler ve deterjanlar yer almaktadır.
Dezenfektanlar kimyasal yapıları esas alınarak organik ve inorganik dezenfektanlar olarak iki kısma ayrılmaktadır. Organik dezenfaktanların etkisi, yapılarında bulunan karbon ve hidrojen sayıları ile doğru orantılı olarak yükselir. İnorganik dezenfektanların etkisi ise suda iyonize olma derecelerine bağlıdır.
Alkaliler ve asitler inorganik bileşikler grubuna girmektedir. Bunlar dezenfeksiyon amacı ile kullanılan sülfürik asit, hidroklorik asit, amonyak, sodyum hidroksit ve potasyum hidroksit gibi çeşitli yoğunluklarda dezenfektanklardır. Bu alkali veya asit dezenfektanlar, proteinler üzerine etki yaparlar ve mikroorganizmalara karşı yok edici öneme sahiptirler.
Metallerin hidroksitleri ile amonyum hidroksite genel olarak alkali denmektedir. Kimya sektöründe alkali ifadesi, sodyum hidroksit, sodyum karbonat, potasyum hidroksit, potasyum karbonat ve kalsiyum, baryum, magnezyum ve amonyumun hidroksitler ile karbonat bileşikleri için kullanılmaktadır. Yerkürenin yaklaşık yüzde beşini meydana getiren sodyum ve potasyum elementleri, alkali metaller içinde doğada en fazla bulunanlarıdır.
Bütün bu kimyasal bileşikler temizlik maddeleri ve dezenfektanların üretiminde de kullanılmaktadır.
Yetkili laboratuvarlarda, dezenfektanların fiziksel ve kimyasal analizleri kapsamında alkali dezenfektanların analizleri de yapılmaktadır. Bu laboratuvarlar, çalışmalarında dünyaca kabul gören test yöntemlerini ve test kriterlerini kullanmakta ve yerli ve yabancı kuruluşlar tarafından çıkarılan standartları esas almaktadır.